با توجه به اینکه با شروع درمان ارتودنسی و قرار گرفتن سیم و براکت روی دندان‌ها تمیز کردن دندان‌ها دشوارتر شده، اهمیت بهداشت دهان در طی درمان ارتودنسی دو چندان می‌شود. هم تعداد دفعات و هم زمان اختصاص یافته برای این منظور باید افزایش یابد.

پس از نصب براکت ها به دلیل تجمع پلاک و گیر غذایی اطراف براکت‌ها و بین سیم ارتودنسی و دندان پس از هر وعده غذایی، نیاز به برداشت پلاک و باقیمانده مواد غذایی می‌باشد. که اینکار به وسیله مسواک و نخ دندان‌های مخصوص ارتودنسی قابل انجام می‌باشد.

به دلیل کاهش دسترسی به سطوح دندانی (خصوصا سطح تماس بین دو دندان) و سخت‌تر شدن برداشت پلاک میکروبی، استفاده از وسایل بهداشت دهان مخصوص ارتودنسی مانند مسواک مخصوص، مسواک‌های بین دندانی و نخ دندان مخصوص بهتر بوده و باعث تسریع و تسهیل رعایت بهداشت می‌شود.

در صورت عدم رعایت بهداشت و پوسیدگی دندان‌ها روند درمان کند شده و طول درمان افزایش می‌یابد و در پایان درمان علیرغم مرتب شدن دندان‌ها، پوسیدگی دندان و التهاب لثه، درمان‌های اضافی را به بیمار تحمیل خواهد کرد.